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主要承擔(dān)傳染病、寄生蟲病和地方病、慢性非傳染性疾病等的預(yù)防與控制；突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置；疫情及健康相關(guān)因素信息管理；職業(yè)危害因素控制、食源性疾病預(yù)防與控制及公共營養(yǎng)；實驗室檢測與評價；健康教育與健康促進(jìn)；技術(shù)指導(dǎo)與應(yīng)用研究等。

中心人員編制261人（含衛(wèi)生監(jiān)督所），目前員工117人（不含衛(wèi)生監(jiān)督所，下同），在編員工104人，臨時聘用人員13人。在編員工中各類專業(yè)技術(shù)人員103人（其中衛(wèi)生技術(shù)人員98人）。

中心占地面積11483平方米，建有衛(wèi)生檢測大樓和實驗綜合大樓各一幢，總建筑面積21041.6平方米，其中實驗室面積7390平方米。現(xiàn)有各類儀器設(shè)備944臺（件），其中50萬元以上儀器設(shè)備18臺，包括液相色譜-質(zhì)譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀、氣質(zhì)聯(lián)用儀、高效液相色譜儀、氣相色譜儀、電感耦合等離子體質(zhì)譜議、離子色譜儀、實時熒光PCR儀、熒光定量PCR儀、全自動醫(yī)用PCR分析系統(tǒng)、全自動病毒載量檢測系統(tǒng)、全自動核酸提純及熒光PCR分析系統(tǒng)、流式細(xì)胞儀。擁有百級凈化實驗室2套，各型生物安全實驗室15個，其中4個BSL-1實驗室，11個 BSL-2實驗室（2套負(fù)壓P2實驗室）。

檢測能力：中心檢測能力涉及11個檢測領(lǐng)域594個檢測參數(shù)、752個方法標(biāo)準(zhǔn)；涉及食品、食品接觸及包裝材料、生活飲用水及其水源、生物材料、職業(yè)衛(wèi)生等檢測領(lǐng)域。生活飲用水檢測項目覆蓋水質(zhì)常規(guī)指標(biāo)及擴(kuò)展指標(biāo)（97項），中心目前能檢測法定傳染病28種，傳染病病原89種，包括甲類傳染病2種（傳染病病原2種），乙類傳染病21種（傳染病病原25種），丙類傳染病5種（傳染病病原19種），其他傳染病病原43種，覆蓋衛(wèi)健委、國家發(fā)改委規(guī)定的縣級疾控機構(gòu)檢測能力要求。于1998年通過實驗室資質(zhì)認(rèn)證（計量認(rèn)證），2012年通過食品檢驗機構(gòu)資質(zhì)認(rèn)定；被省衛(wèi)健委確認(rèn)為艾滋病確證實驗室，具備消毒效果評價能力。 

多年來，晉江市疾病預(yù)防控制中心在市委、市政府及主管部門關(guān)心支持下，中心領(lǐng)導(dǎo)班子團(tuán)結(jié)協(xié)作，凝聚全體職工，深入貫徹落實國家法律法規(guī)政策和各項工作任務(wù)，加強內(nèi)部制度建設(shè)、加強隊伍素質(zhì)建設(shè)、加強設(shè)施設(shè)備投入、加強實驗室質(zhì)量管理，不斷完善各項突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急處置預(yù)案、不斷探索科學(xué)管理與改革創(chuàng)新。此次新冠肺炎疫情防控，中心第一時間啟動應(yīng)急響應(yīng)，成立工作領(lǐng)導(dǎo)小組，全員戰(zhàn)疫、專人值守、梯隊輪換，2020年1月23日對首例疑似病例進(jìn)行采樣和檢測，成為全省首家開展新冠病毒核酸檢測縣級疾控中心，投入400多萬元采購新冠病毒核酸檢測，日最大檢測能力達(dá) 4800個測試，為打贏疫情防控攻堅戰(zhàn)提供軟硬件保障，在我市疫情防控中發(fā)揮了十分重要的作用。

晉江市疾病預(yù)防控制中心長期致力于保障轄區(qū)公共衛(wèi)生安全，在新冠肺炎、霍亂、手足口病、甲型H1N1流感、人感染H7N9禽流感、登革熱等疫情處置；在鼠疫、艾滋病、結(jié)核病、麻疹、乙肝等重點傳染病防控；在公共衛(wèi)生健康危害因素控制、健康教育促進(jìn)等工作中取得了顯著的成效，得到各級黨委、政府的充分肯定和群眾的廣泛認(rèn)同。榮獲2010年度福建省世行貸款英國贈款結(jié)核病控制項目先進(jìn)單位、2011度福建省艾滋病疫情工作質(zhì)量獎、2012年福建省結(jié)核病控制工作先進(jìn)集體、2012年度福建省艾滋病防治項目干預(yù)工作質(zhì)量獎、2013年度福建省寄生蟲病防治工作先進(jìn)單位、2013年度福建省艾滋病防治項目干預(yù)工作質(zhì)量獎、2014年度福建省傳染病疫情及突發(fā)公共衛(wèi)生事件報告管理先進(jìn)集體、2014年度福建省艾滋病防治項目干預(yù)宣傳及疫情管理工作先進(jìn)集體、2014年度福建省艾滋病防治擴(kuò)大檢測先進(jìn)集體、福建省2014-2015年食品安全風(fēng)險監(jiān)測先進(jìn)集體、2014年度福建省結(jié)核病流行病學(xué)抽樣調(diào)查先進(jìn)集體、2015年度福建省艾滋病干預(yù)宣教及疫情管理工作先進(jìn)集體、2015年全國疾病預(yù)防控制工作先進(jìn)集體、福建省“十二五”地方病防治先進(jìn)集體、福建省2014-2016年度免疫規(guī)劃工作先進(jìn)單位、福建省2016年職業(yè)病防治項目（重點職業(yè)病監(jiān)測與職業(yè)病健康風(fēng)險評估）工作先進(jìn)單位、2017年泉州市衛(wèi)生應(yīng)急技能競賽“突發(fā)急性傳染病防控”一等獎、“2020年泉州市疫情防控阻擊戰(zhàn)表現(xiàn)突出的先進(jìn)基層黨組織”、“2020年度泉州市學(xué)雷鋒活動示范點”、“十三屆泉州青年五四獎?wù)录w”、2021年泉州市衛(wèi)健系統(tǒng)新冠肺炎防控崗位職工技能競賽團(tuán)體二等獎、2020-2022年泉州市文明單位、2023年福建省首屆健康科普講解大賽二等獎、2023年泉州市衛(wèi)健系統(tǒng)現(xiàn)場流行病學(xué)調(diào)查職業(yè)技能競賽團(tuán)體二等獎、2023年第五屆“晉江青年五四獎?wù)?/font>”集體。泉州市2024年職業(yè)健康技能與知識競賽團(tuán)體一等獎、2024年泉州市衛(wèi)健系統(tǒng)突發(fā)公共衛(wèi)生事件應(yīng)急檢測職業(yè)技能競賽團(tuán)體三等獎、第三屆泉州市健康素養(yǎng)宣傳活動暨泉州市健康素養(yǎng)科普比賽三等獎、2024年度泉州市“安康杯”競賽組織工作優(yōu)秀單位、第二屆泉州市學(xué)生近視防控主題競賽活動優(yōu)秀組織獎。